根據科技部統一部署，我中心承擔科技部歸口管理的國家科技計劃的巡視檢查、專項審計和結題財務驗收工作。
巡視檢查
巡視檢查是通過組織巡視小組赴科研單位深入檢查，了解法人責任的落實情況以及與科研資金管理和使用有關的內部控制制度建設情況。側重科研資金管理政策宣講、科研資金管理使用情況的調研以及督促科研單位完善和加強內部控制與監督。
專項審計
專項審計主要以委托會計師事務所赴項目承擔單位對項目專項經費的管理和使用情況進行審計的方式進行。主要針對在研項目（課題），重點關注單位內控制度建設，經費支出的合法、合規、合理性等方面內容。
結題財務驗收工作
結題財務驗收工作包括財務檢查和財務驗收兩部分。財務檢查是依據相關專項經費管理辦法和國家有關財經法規，對項目（課題）的經費管理使用情況開展全面、客觀的監督工作。財務驗收是中心組織專家對項目（課題）的預算執行情況、經費使用情況等進行專門審核與評價的工作，是項目（課題）驗收的重要組成部分。